自年来，中国、欧洲、美国及部分亚洲国家相继暴发了变异性猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫情。人们使用抗生素，甚至原有的基于CV株的PEDV弱毒或灭活苗后，对变异毒株均束手无策。故此，很多研究者都试图开始从PEDV的生物学特性、病毒的分离、病理学以及分子遗传学各角度去解释此次乃至以往PEDV的流行。但却都忽略了肠道微生物菌群在维持机体内环境平衡，保持肠道健康中的重要作用。

研究发现，在此次流行期间，各地养殖场临床发病的严重程度表现出很大差异。为解析个中原因，作者等首次利用二代测序技术，比较了自然状态下PEDV感染后未发病、PEDV感染发病以及健康母猪和仔猪肠道菌群的差异，结果显示：梭状杆菌和变形菌纲等肠道致病菌，在PEDV感染未发病和感染发病的猪体内数量大幅度增加，而能产生短链脂肪酸如丁酸盐的益生菌群数量大幅减少。说明PEDV感染时，会严重干扰母猪或仔猪的肠道内菌群平衡，削弱益生菌群，富集致病菌群，从而引起临床更严重的发病。

猪的胃肠道是一个复杂的生态环境，定植在肠道内的菌群也因时间、年龄、品种以及其他因素而呈现动态的变化。作者研究发现：在PEDV感染的母猪（发病或未发病）体内，原本主要产生丁酸盐，协助降解糖类，维持肠道健康的丁酸梭菌数量大大减少。而另一方面，引发炎症反应，阻碍丁酸盐氧化，损伤肠道屏障功能的脱硫弧菌数量大大增加。其可能是后期导致肠黏膜炎症，进而加深PEDV感染的主要原因。

对仔猪而言，肠道细菌的定植从其出生就已经开始了。母猪的粪便、皮肤、周边环境充斥着大量的细菌，是仔猪肠道菌群的最主要来源。目前，能导致仔猪腹泻和肠炎的病原有很多，包括病毒性的如冠状病毒（PEDV、TGEV等）和轮状病毒，细菌性的如大肠杆菌、产气荚膜梭菌、梭状芽孢杆菌，寄生虫性的如隐孢子虫、等孢球虫等。

作者研究发现，PEDV感染同样会严重干扰新生仔猪的肠道菌群定植，使得益生菌如拟杆菌门数量大幅度降低，而致病菌如厚壁菌门（包括芽孢杆菌属、梭菌属等成员如产气荚膜梭菌、梭状芽孢杆菌等）、变形菌门（以肠杆菌科致病菌增加为主，该科包括了埃希氏菌属、沙门氏菌属、志贺氏菌属等成员如大肠杆菌、沙门氏菌等等）、梭杆菌门（包括梭杆菌属）数量大幅度增加。这一过程会破坏肠道菌群的平衡，并且可能加重PEDV的感染程度。在大量增殖的众多致病菌中，尤以产气荚膜梭菌和梭状芽孢杆菌数量增加最为显著，其中，产气荚膜梭菌在患病母猪和仔猪体内的数量相较健康个体上升了10～15倍之多。通常情况下，产气荚膜梭菌C型很少存在于健康猪的肠道中，但作为肠道主要致病病原，该菌经常以继发感染的形式在流行性腹泻、传染性胃肠炎或轮状病毒等感染后，侵染肠道上皮，并且加重病情的恶化。目前已有多个研究证实了这一现象，作者的研究恰好也证明了这一观点。

综上，目前新生仔猪腹泻病因未明，而仔猪腹泻病频发，感染压力巨大，且PEDV防控效果不佳的情况下，对仔猪腹泻病的防控不能只聚焦于流行性腹泻、传染性胃肠炎或轮状病毒等病毒病。控制大肠杆菌、沙门氏菌、产气荚膜梭菌等肠道致病菌的感染，预防继发感染，维护母猪及新生仔猪肠道菌群平衡和健康状态，可能对防治新生仔猪腹泻，确保产房安全同样重要。

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